Une analyse de 18 espèces de chauves-souris stationnaires et migratrices vivant en Suisse a découvert qu’elles hébergent des virus de 39 familles virales différentes, y compris certains virus présentant un risque potentiel de sauter sur d’autres animaux, y compris les humains, et de provoquer des maladies. Isabelle Hardmeier de l’Université de Zurich, Suisse, et ses collègues présentent ces résultats dans la revue en libre accès PLOS A single le 16 juin 2021.



Bien qu’il existe peu de cas connus de virus pathogènes sautant directement des chauves-souris aux humains, certains virus transportés par les chauves-souris peuvent sauter à d’autres animaux puis se transmettre aux humains. Par exemple, le SRAS-CoV-2, le virus à l’origine de la pandémie de COVID-19 en cours, proviendrait d’un virus qui a été transmis d’une chauve-souris à un autre animal avant d’infecter l’homme.

La surveillance des virus hébergés par les chauves-souris dans le monde pourrait améliorer la compréhension et la détection de ceux qui présentent un risque pour l’homme. Cependant, alors que des recherches antérieures ont étudié les virus transportés par les chauves-souris dans plusieurs pays différents, aucune ne s’est concentrée sur la Suisse.



Pour combler ce manque de connaissances, Hardmeier et ses collègues ont enquêté sur des virus transportés par moreover de 7 000 chauves-souris vivant en Suisse. Plus précisément, ils ont analysé les séquences d’ADN et d’ARN de virus trouvés dans des échantillons d’organes, de selles ou de selles prélevés sur les chauves-souris.

Cette analyse génomique a révélé la présence de 39 familles différentes de virus, dont 16 familles précédemment reconnues capables d’infecter d’autres vertébrés, et qui pourraient donc potentiellement être transmises à d’autres animaux ou à l’homme. Une analyse as well as approfondie des virus présentant ce risque a révélé que l’une des colonies de chauves-souris étudiées abritait un génome presque complet d’un virus connu sous le nom de coronavirus (CoV) lié au syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS). Alors que le virus lié au MERS-CoV n’est pas connu pour provoquer une maladie chez l’homme, le MERS-CoV a été responsable d’une épidémie en 2012.

Les auteurs notent que l’analyse génomique des échantillons de selles de chauve-souris pourrait être un outil utile pour surveiller en permanence les virus hébergés par les chauves-souris, y compris le virus lié au MERS-CoV. Ce kind de suivi pourrait potentiellement détecter des accumulations de mutations génétiques virales qui pourraient augmenter le risque de transmission à d’autres animaux, permettant une détection plus précoce des virus qui présentent un danger pour l’homme.

Les auteurs ajoutent :  » L’analyse métagénomique des chauves-souris endémiques de Suisse révèle une grande diversité de génomes viraux. Des génomes viraux de 39 familles de virus différentes ont été détectés, dont 16 sont connus pour infecter des vertébrés, notamment des coronavirus, des adénovirus, des hepevirus, des rotavirus A et H, et parvovirus. »