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Une approche informatique pourrait aider les cliniciens à sélectionner les meilleures combinaisons d'anticorps largement neutralisants pour traiter le VIH en fonction de la génétique du virus

Des cocktails soigneusement conçus d’anticorps largement neutralisants (bNAbs) pourraient aider à traiter le VIH tout en minimisant le risque que le virus échappe au traitement, suggère une étude publiée aujourd’hui dans eLife.

L’étude montre que les approches informatiques pour sélectionner des combinaisons de bNAb basées sur la génétique virale pourraient aider à prévenir l’évasion virale, rendant le traitement du VIH plus efficace. Il peut également offrir une stratégie pour concevoir des combinaisons efficaces de bNAbs pour traiter d’autres agents pathogènes en évolution rapide.

Les bNAb offrent un nouvel outil prometteur pour traiter ou potentiellement guérir les infections par des virus à évolution rapide tels que le VIH. Des essais cliniques utilisant un seul bNAb pour traiter le VIH ont montré que certaines souches virales peuvent survivre au traitement et entraîner un rebond des virus dans le sang. Les combinaisons de bNAbs peuvent donc être une approche in addition efficace, mais trouver les meilleures combinaisons est un défi.

“Pour notre étude, nous avons proposé d’utiliser une approche informatique pour prédire l’efficacité des combinaisons de bNAb basées sur la génétique du VIH”, explique Colin LaMont, chercheur à l’Institut Max Planck pour la dynamique et l’auto-organisation à Göttingen, en Allemagne.

LaMont et ses collègues ont utilisé le séquençage à haut débit pour analyser la génétique des virus du VIH recueillis sur 10 ans auprès de 11 people non traités atteints du VIH. L’équipe a utilisé ces données pour prédire quelles souches virales pourraient échapper au traitement avec différents bNAb et si l’esquive des bNAb était associée à un coût de survie. Ensuite, à l’aide de méthodes informatiques, ils ont appliqué les connaissances acquises pour prédire les rebonds viraux dans trois essais réels de bNAbs.

Enfin, l’équipe a utilisé son approche informatique pour trouver une combinaison de bNAbs qui est la moins vulnerable de permettre à tout virus de s’échapper. Ils ont également découvert que certains bNAb, tels que le 10-1074, sont meilleurs contre diverses populations de virus, vehicle les mutations qui permettent aux virus de s’échapper rendent également le virus moins prone de survivre. D’autres, dont PGT121, sont furthermore efficaces contre des populations virales moins diverses automobile les mutations qui permettent de s’échapper sont rares. Dans l’ensemble, les résultats suggèrent que la combinaison optimale comprend trois bNAb  : PG9, PGT151 et VRC01.

“Nous avons montré que la combinaison de PG9, PGT151 et VRC01 réduit le risque de rebond viral à moins de 1 %”, déclare LaMont. “Il le fait en ciblant trois régions différentes de l’emballage extérieur protecteur du virus, ou enveloppe.”

“La combinaison de bNAbs, administrés par perfusion intraveineuse tous les quelques mois, avec les thérapies antirétrovirales (TAR) actuelles qui nécessitent des doses quotidiennes pourrait encore améliorer le succès du traitement à very long terme du VIH”, suggère l’auteure principale Armita Nourmohammad, professeure adjointe au Département de physique de l’Université. de Washington, Seattle.

L’ART réduit la capacité du VIH à se multiplier et à créer de nouvelles variantes, limitant la diversité génétique de la population virale et réduisant la probabilité d’émergence de variantes d’échappement bNAb. Les auteurs affirment que davantage d’études sont nécessaires pour confirmer les avantages potentiels de la combinaison de l’ART et des bNAbs.

“Notre étude montre que l’exploitation des données génétiques peut nous aider à concevoir des thérapies moreover efficaces contre le VIH”, conclut Nourmohammad. “Notre approche peut également être utile pour concevoir des thérapies contre d’autres brokers à évolution rapide qui causent des maladies, tels que le virus de l’hépatite C, les bactéries résistantes aux médicaments ou les cellules tumorales cancéreuses.”