Pendant additionally d’une décennie, les scientifiques qui étudient l’épigénétique ont utilisé une méthode puissante appelée ChIP-seq pour cartographier les changements dans les protéines et d’autres facteurs de régulation critiques à travers le génome. Alors que ChIP-seq fournit des informations inestimables sur les fondements de la santé et de la maladie, il est également confronté à un défi frustrant: ses résultats sont souvent considérés comme qualitatifs plutôt que quantitatifs, ce qui rend l’interprétation difficile.




Mais, il s’avère que ChIP-seq a peut-être toujours été quantitatif

« ChIP-seq est l’épine dorsale de la recherche épigénétique. Nos résultats remettent en issue la croyance selon laquelle des étapes supplémentaires sont nécessaires pour la rendre quantitative », a déclaré Brad Dickson, Ph.D., un scientifique du Van Andel Institute et l’auteur correspondant de l’étude. « Notre nouvelle approche fournit un moyen de quantifier les résultats, rendant ainsi ChIP-seq in addition précis, tout en laissant les protocoles standard inchangés.


Les tentatives précédentes pour quantifier les résultats de ChIP-seq ont conduit à des étapes supplémentaires étant ajoutées au protocole, y compris l’utilisation de « spike-ins », qui sont des additifs conçus pour normaliser les résultats de ChIP-seq et révéler des changements d’histones qui autrement pourraient être obscurcis. Ces étapes supplémentaires augmentent la complexité des expériences tout en ajoutant des variables qui pourraient interférer avec la reproductibilité. Fait crucial, l’étude identifie également un problème de sensibilité dans la normalisation de pointe qui n’a pas été discuté auparavant.

En utilisant un modèle physique prédictif, Dickson et ses collègues ont développé une nouvelle approche appelée la méthode sans-pic-in pour le séquençage quantitatif ChIP, ou siQ-ChIP. Il permet aux chercheurs de suivre le protocole conventional ChIP-seq, éliminant le besoin de spike-ins, et décrit également un ensemble de mesures communes qui devraient être rapportées pour toutes les expériences ChIP-seq afin d’assurer la reproductibilité ainsi que la quantification.

En tirant parti de la réaction de liaison à l’étape d’immunoprécipitation, siQ-ChIP définit une échelle physique pour les résultats de séquençage qui permet la comparaison entre les expériences. L’échelle quantitative est basée sur l’isotherme de liaison des produits d’immunoprécipitation.