L’étude du corps humain au niveau de la cellule unique a reçu un coup de pouce avec la création d’un nouvel outil, qui permettra aux chercheurs de voir non seulement la fonction des cellules, mais aussi où elles se situent dans les tissus. L’outil, appelé mobile2locale, a été développé par des chercheurs du Wellcome Sanger Institute, du Centre allemand de recherche sur le cancer et leurs collaborateurs.



L’article, publié aujourd’hui (13 janvier 2022) dans Mother nature Biotechnology, démontre la capacité de mobile2location à identifier l’emplacement de styles de cellules immunitaires détaillées dans l’intestin humain et les ganglions lymphatiques, ainsi qu’à cartographier la structure à grains fins du cerveau de la souris. Le nouvel outil est déjà utilisé dans le cadre de l’initiative Human Cell Atlas pour cartographier chaque sort de cellule du corps humain et a le potentiel de remplacer un jour l’analyse au microscope en tant que method permettant aux pathologistes de comprendre ce qui se passe lors d’une biopsie.

Le corps humain est composé d’une myriade de varieties de cellules, des sorts de cellules jusqu’alors inconnus étant régulièrement découverts par des initiatives de recherche telles que l’Atlas des cellules humaines. Ce variety de recherche utilise le séquençage de cellule unique pour analyser des cellules individuelles afin que les gènes qu’elles expriment puissent être observés, afin de distinguer les différences subtiles dans la fonction cellulaire qui les définissent.



Mais le variety cellulaire n’est pas le seul facteur dans le fonctionnement des tissus sains. Les cellules  » parlent  » entre elles et la situation de chaque cellule par rapport à ses voisines est importante pour comprendre le fonctionnement du tissu au niveau moléculaire.

Auparavant, il n’était pas feasible de combiner des données de séquençage de cellule exclusive avec des informations spatiales à l’échelle requise. cell2place résout ce problème en combinant les deux types d’informations, les données de séquençage unicellulaire et les données transcriptomiques spatiales, afin de visualiser les relations entre les cellules et de mieux comprendre la biologie tissulaire.

Dans cette étude, des chercheurs du Wellcome Sanger Institute ont appliqué cell2place à plusieurs varieties de tissus humains et de souris pour fournir des données tridimensionnelles sur les forms de cellules présents et leur emplacement.

Dans le cerveau de la souris, qui est structuré en régions distinctes telles que le cortex et le thalamus, cell2locale a été utilisé pour fournir une analyse additionally détaillée des cellules neurales appelées astrocytes. Il a pu détecter des différences subtiles dans les gènes exprimés par les cellules, jusqu’à 10 gènes différents, identifiant des sous-types d’astrocytes rares jamais décrits auparavant. mobile2area a également été en mesure de cartographier ces sous-kinds rares, dont un qui ne représentait que 41 cellules sur 40 000, à un emplacement spécifique dans le tissu.

Le Dr Oliver Stegle, auteur principal de l’article du Wellcome Sanger Institute, du Centre allemand de recherche sur le cancer (DKFZ) et du Laboratoire européen de biologie moléculaire (EMBL), a déclaré :  » Le fait que cell2site ait pu identifier et cartographier spatialement des Les sous-types d’astrocytes dans le cerveau de la souris démontrent la remarquable sensibilité de notre approche. Combiné avec un emplacement précis pour ces sous-varieties rares, les chercheurs ont désormais accès à une mine d’informations avec lesquelles commencer à démêler le rôle que ces cellules jouent dans le fonctionnement world wide du cerveau.. »

La richesse des données fournies par mobile2location ouvre également de nouvelles programs pour le séquençage unicellulaire dans le domaine de la pathologie. Actuellement, les microscopes sont utilisés pour analyser des échantillons de tissus afin de diagnostiquer des maladies telles que le cancer. À l’avenir, une approche unicellulaire pourrait fournir des informations beaucoup additionally détaillées sur ce qui ne va pas au niveau moléculaire, ce qui sera particulièrement utile pour des études approfondies telles que des essais cliniques.

Le Dr Omer Bayraktar, auteur principal de l’article du Wellcome Sanger Institute, a déclaré :  » Je suis très enthousiasmé par le potentiel de cell2area pour changer la façon dont nous observons la vie au niveau moléculaire. J’ai toujours pensé que la cartographie des tissus resterait dans le domaine de l’histologie, qui est limité dans ce qu’il peut révéler. Nous avons maintenant un outil qui est meilleur qu’un microscope et qui peut nous fournir furthermore de détails que nous n’aurions jamais pu l’imaginer.