Chloé Leroy Au cours de la pandémie de COVID-19, le monde a pris conscience de l’intérêt d’utiliser des analyses des eaux usées pour surveiller le développement de la maladie dans une zone. Cependant, au DTU Nationwide Foodstuff Institute, un groupe de chercheurs utilise la surveillance des eaux usées du monde entier depuis 2016 comme un outil efficace et peu coûteux pour surveiller les maladies infectieuses et la résistance aux antimicrobiens.
En analysant des échantillons d’eaux usées reçus par DTU de 243 villes dans 101 pays entre 2016 et 2019. comment les gènes sont localisés et dans quels styles de bactéries ils se trouvent.
Les résultats de la nouvelle étude métagénomique – qui viennent d’être publiés dans Character Communications – ont surpris les chercheurs. En fait. indiquant une transmission plus importante que ce à quoi les chercheurs s’attendaient.
“Nous avons trouvé des gènes de résistance similaires dans des sorts bactériens très différents. Nous trouvons inquiétant que des gènes puissent passer d’un groupe très significant de bactéries à un groupe complètement différent avec lequel il n’y a aucune ressemblance. Il est scarce que ces transmissions génétiques se produisent sur C’est un peu comme si des espèces animales très différentes produisent une progéniture », explique le professeur adjoint Patrick Munk.
Si les gènes se trouvent dans des bactéries qui ne rendent généralement pas les gens malades – comme les bactéries lactiques – c’est moins préoccupant. Cependant, si les gènes de résistance se retrouvent dans des bactéries importantes pour la santé humaine, comme la salmonelle, c’est une toute autre histoire.
“Cela rend beaucoup in addition probable que la bactérie tue réellement des gens – par exemple dans un hôpital – vehicle aucun traitement n’est disponible”, souligne Patrick Munk.
Hotspots pour la transmission des gènes de résistance
Dans différents endroits d’Afrique subsaharienne, les chercheurs ont trouvé le même gène de résistance dans un particular nombre de bactéries différentes.
“Nous interprétons cela comme signifiant que nous pouvons être assez proches d’un stage chaud de transmission, où il y a une transmission de gène de l’un à l’autre à une troisième bactérie. C’est pourquoi nous voyons le gène dans tant de contextes différents précisément là”, Patrick Munk explique.
Il ajoute que bon nombre des transmissions surprenantes semblent se produire en Afrique subsaharienne. Ce sont aussi les pays où les programmes de surveillance de la résistance sont les moins développés, ce qui signifie qu’il existe très peu de données sur la scenario de la résistance.
“Nous risquons de négliger des tendances importantes parce que nous n’avons pas de données”, suggère-t-il, soulignant que des données solides sont exactement ce qui est nécessaire pour développer des stratégies efficaces de lutte contre la résistance :
“À l’heure actuelle, nous avons d’énormes connaissances sur le comportement de la résistance en Occident et – sur la foundation de ces connaissances – nous planifions comment combattre la résistance. Il s’avère maintenant que si nous regardons de nouveaux endroits, les gènes de résistance peuvent se comporter très différemment – probablement parce qu’ils ont des ailments de transmission plus favorables. Par conséquent.
Successeur
Le projet mondial sur les eaux usées – qui est soutenu par la Fondation Novo Nordisk et le projet de recherche VEO – s’achève en 2023. Les chercheurs constatent qu’il s’est avéré être un bon complément aux initiatives de surveillance existantes, qui opèrent principalement au niveau national ou régional. et mesurer la résistance des bactéries des personnes malades.
Ils espèrent donc qu’un successeur au projet verra le jour, afin que le monde puisse continuer à bénéficier des importantes connaissances générées par le programme de surveillance.
“Il y a beaucoup d’analogies avec le changement climatique, où ce qui se passe de l’autre côté du world n’est pas sans significance pour vous. Un jour ou l’autre, le problème reviendra nous ronger, comme on l’a vu maintes et maintes fois.” Patrick Munk souligne.
Dans l’étude, les chercheurs ont analysé 757 échantillons d’eaux usées de 243 villes dans 101 pays. Les échantillons ont été collectés et envoyés au campus de DTU à Lyngby entre 2016 et 2019.
motor vehicle le matériel de l’échantillon ne peut pas être lié à des individus.
En savoir as well as sur les résultats de l’étude dans un posting de Mother nature Communications : L’analyse génomique des eaux usées de 101 pays révèle le paysage mondial de la résistance aux antimicrobiens. Les travaux ont été réalisés grâce au financement de la Fondation Novo Nordisk et du projet de recherche VEO.
À propos de la méthode : Comme un puzzle complexe
Le groupe de recherche en épidémiologie génomique du DTU Nationwide Foodstuff Institute a développé et gère l’une des bases de données de résistance les as well as complètes au monde. Il comprend actuellement 3 134 gènes de résistance connus.
Les échantillons contiennent un très grand nombre de micro-organismes provenant de différentes resources, y compris les matières fécales humaines. Les échantillons d’eaux usées congelés ont été envoyés au DTU, où les techniciens du laboratoire extraient toutes les bactéries des échantillons décongelés.
Les bactéries sont ensuite décomposées et leur ADN collectif est divisé en moreover petits morceaux, que l’équipement de séquençage d’ADN de pointe peut lire en une seule fois. Un superordinateur peut alors comparer les milliards de séquences d’ADN enregistrées avec des gènes connus et construire de additionally grands morceaux des génomes originaux contenus dans les échantillons.
Données réutilisables
Contrairement aux données des méthodes d’analyse conventionnelles, les données brutes des études métagénomiques peuvent être réutilisées pour éclairer d’autres problèmes. Par exemple, les chercheurs du projet sur les eaux usées ont utilisé leur ensemble de données pour analyser la présence d’autres micro-organismes pathogènes dans les eaux usées.
L’ensemble des données de la surveillance des eaux usées a été mis gratuitement à la disposition des chercheurs du monde entier. Par exemple.
