Chloé Moreau
Un consortium international de scientifiques, dirigé par Jeff Kidd, Ph.D. de l’Université du Michigan, Jennifer RS Meadows de l’Université d’Uppsala en Suède et Elaine A. Ostrander, Ph.D. de l’Institut nationwide de recherche sur le génome humain des NIH, utilise une base de données d’ADN canin d’une taille sans précédent pour jeter un regard neutral sur la façon dont nos amis à quatre pattes ont évolué vers les différentes races que nous connaissons et aimons.
Un nouvel write-up, publié dans la revue Genome Biology, décrit ce que le projet Pet dog10K a découvert après avoir séquencé les génomes de près de 2 000 échantillons provenant de 321 races différentes de chiens, lycaons, coyotes et loups, et les avoir comparés à un échantillon de référence : d’un berger allemand nommé Mischka.
En analysant furthermore de 48 hundreds of thousands d’informations génétiques, ils ont découvert que chaque race de chien présentait environ 3 millions de différences de polymorphisme nucléotidique exceptional. Ces SNP ou « snips » sont à l’origine de l’essentiel de la variation génétique chez les humains et les chiens. Ils ont également trouvé 26 000 séquences délétées présentes chez le berger allemand mais pas dans la race de comparaison et 14 000 séquences délétées dans la race comparée mais manquantes dans l’ADN de Mischka.
“Nous avons fait une analyse pour voir à quel issue les chiens étaient semblables les uns aux autres, et nous avons finalement pu les diviser en environ 25 groupes principaux qui correspondent à peu près à ce que les gens auraient pu attendre en fonction de l’origine de la race, du style de chien. taille et coloration”, a déclaré Kidd, professeur de génétique humaine, de médecine informatique et de bioinformatique à la faculté de médecine de l’UM.
La plupart des gènes variables, a-t-il ajouté, étaient liés à la morphologie, confirmant que les différences entre les races étaient motivées par l’apparence des chiens.
Par rapport aux chiens, les loups présentaient environ 14 % de variants supplémentaires. Et les chiens de village sauvages – des chiens qui vivent parmi les habitants des villages ou des villes mais ne sont pas gardés comme animaux de compagnie – présentaient in addition de variants génétiques que les chiens de race.
L’ensemble de données, qui a été traité à l’aide du cluster informatique haute overall performance des Grands Lacs de l’UM, a également révélé une quantité inhabituelle de rétrogènes, un nouveau gène qui se forme lorsque l’ARN est reconverti en ADN et réinséré dans le génome à un endroit différent. L’étude a révélé 926 rétrogènes, dont le in addition célèbre, selon Kidd, est un rétrogène appelé FGF4, qui entraîne le phénotype des pattes courtes observé chez les teckels et les corgis.
“Les chiens ont tendance à avoir une quantité accrue de rétrogènes, ce qui a entraîné des mutations sélectionnées, que les gens ont peut-être trouvées mignonnes et élevées davantage”, a déclaré Kidd. Son laboratoire tente de comprendre pourquoi les rétrogènes et les insertions se produisent si fréquemment chez les chiens.
L’un des avantages du consortium Pet dog10K est sa taille, qui permettra aux chercheurs de l’UM et d’ailleurs d’examiner les fondements génétiques d’autres caractéristiques canines et même de maladies courantes chez les chiens, comme le cancer.
