Les scores polygéniques – estimations de la prédisposition d’un individu pour des traits et des maladies complexes – sont prometteurs pour identifier les people à risque de maladie et guider les traitements précoces et personnalisés, mais les gurus de l’UCLA ont constaté que les scores ne tiennent pas compte du huge éventail de diversité génétique entre les individus dans toutes les ascendances.
“Les scores polygéniques peuvent estimer la probabilité qu’un individu ait un specified trait en rassemblant et en analysant les petits effets de milliers à des hundreds of thousands de variantes génétiques communes en un seul rating, mais leur effectiveness parmi les individus de divers horizons génétiques est limitée”, a déclaré Bogdan. Pasaniuc, PhD, skilled de UCLA Wellness en méthodes statistiques et informatiques pour comprendre les facteurs de risque génétiques des maladies courantes.
L’analyse des chercheurs, publiée dans Nature, montre que la précision des scores polygéniques (PGS) varie d’un individu à l’autre sur un continuum d’ascendance génétique – et cela est vrai même dans des populations traditionnellement considérées comme “homogènes” (par exemple, les Européens ) a déclaré Pasaniuc, l’auteur principal de l’article.
L’évaluation des performances du PGS a généralement été effectuée au niveau de la “inhabitants”, comme chez les “Européens”, regroupant des individus d’ascendance similaire dans un groupe d’ascendance génétique, ont déclaré les auteurs.
“Imposer des frontières artificielles à ce continuum et ignorer la diversité, ou “l’hétérogénéité”, au sein des clusters peut masquer les versions au sein d’un groupe, dissimuler les similitudes qui peuvent exister chez les individus de différents groupes et laisser de côté les individus qui ne correspondent pas parfaitement à un groupe particulier. ascendance génétique », a déclaré Yi Ding, étudiant diplômé en bioinformatique à l’UCLA, membre du Pasaniuc Lab et leading auteur de l’article.
Pour fournir une estimation in addition précise de la précision du PGS, les chercheurs ont développé une méthode pour évaluer la précision du PGS au niveau individuel. Pour le tester, ils ont appliqué des PGS pour 84 features complexes aux données de plus de 35 000 individus de la UCLA ATLAS Precision Well being Biobank, l’une des biobanques les in addition diversifiées au monde, en partie parce que la région de Los Angeles abrite l’une des moreover populations ancestralement diverses dans le monde.
Les données de “formation” du nouvel outil provenaient d’un sous-ensemble d’individus de la Uk Biobank au Royaume-Uni. En guise de substitut aux ascendances génétiques discrètes, une métrique go on de «distance génétique» a été utilisée pour établir la position de chaque individu dans la base de données ATLAS sur le continuum génétique-ascendance, montrant essentiellement à quel level le génome d’un individu cible (ATLAS) était similaire ou différent. à celle de la population en development au Royaume-Uni.
“Nous avons constaté que additionally le génome d’un individu cible était différent – ou génétiquement” éloigné “- des données de development de la Uk Biobank, as well as la précision du PGS était faible”, a déclaré Ding.
La précision des PGS a diminué à mesure que la distance génétique augmentait, même lorsque les chercheurs ont examiné spécifiquement les groupes d’ascendance génétique qui ont été considérés comme homogènes, comme parmi les individus d’ascendance génétique européenne. Inversement, certains individus non identifiés avec une ascendance européenne pourraient avoir des niveaux plus élevés de similarité génétique, montrant que les performances du PGS pourraient différer entre deux individus de la même ascendance mais être comparables pour deux personnes d’ascendance différente – en fonction de leur similarité génétique.
“Notre métrique de length génétique a surpassé le regroupement discret pour identifier les individus qui pourraient bénéficier des PGS”, a déclaré Pasaniuc, chercheur à la David Geffen School of Medication de l’UCLA et à l’UCLA Overall health Institute for Precision Health and fitness.
L’équipe de recherche a identifié plusieurs facteurs – sujets d’études en cours et futures – qui pourraient avoir un effects sur la précision et l’utilité du PGS, en particulier chez les personnes d’ascendance “mixte”. Ceux-ci sont généralement définis comme des individus ayant une ascendance récente de deux ou plusieurs sources continentales – comme les Afro-Américains et les Latinos.
Pasaniuc, dont la recherche se concentre sur l’amélioration des prédictions des facteurs de risque génétiques pour les personnes d’ascendance mixte, a déclaré que ces personnes ont des génomes “mosaïques”, avec des segments d’ascendances continentales différentes dans chaque région. Avec différentes portions apportées par différentes ascendances, il est extrêmement difficile de classer avec précision ces individus à l’aide d’étiquettes d’ascendance conventionnelles.
“Pour que les PGS soient utilisés équitablement”, a-t-il déclaré, “l’évaluation de la précision des PGS doit tenir compte de l’ensemble du spectre de la diversité génétique”.
