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Une étude suggère que ces nouvelles mutations du virus qui result in le COVID-19 pourraient aider à identifier d'où pourrait provenir la prochaine variante préoccupante


D’abord delta, puis omicron. Les dernières variantes de Covid se sont propagées comme une traînée de poudre à travers le monde ces derniers mois, amenant de nombreux scientifiques à se demander quand la prochaine variante apparaîtra. Maintenant, les scientifiques sont peut-être sur le stage de prendre cette décision.

Une équipe multi-institutionnelle de chercheurs, dont le virologue Marc Johnson, professeur de microbiologie moléculaire et d’immunologie à l’Université du Missouri, a détecté au moins quatre variantes “cryptiques” du SARS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19, dans des échantillons d’eaux usées du réseau d’égouts general public de la ville de New York. Leurs découvertes ont été récemment publiées dans Character Communications, une revue de Character.

Selon les Facilities for Illness Regulate and Avoidance (CDC), des virus tels que le SARS-CoV-2 peuvent continuellement évoluer en acquérant des mutations. Les variantes, telles que delta ou omicron, peuvent contenir une ou plusieurs mutations au sein de leur séquence virale qui aident à se distinguer des autres variantes du SRAS-CoV-2.

Johnson, co-auteur correspondant de l’étude, pense que les résultats suggèrent que les mutations “cryptiques” qu’ils ont identifiées à New York pourraient être liées à d’éventuelles origines animales. Bien que ces origines n’aient pas encore été vérifiées, il pense qu’une source attainable pourrait être les rats qui fréquentent le système d’égouts de New York.

“Par exemple, nous ne savons toujours pas d’où vient la variante omicron, mais elle devait venir de quelque part”, a déclaré Johnson. “Ces variantes bouillonnent partout, y compris l’omicron, qui s’est finalement répandu dans la populace générale et a fait des ravages. Nous pensons que ces lignées étranges pourraient être à l’origine de la prochaine variante préoccupante pour COVID-19.”

Chasse aux mutations virales

L’idée de ce projet a commencé en mars 2020 après que John Dennehy, virologue et professeur de biologie au Queens School, City University of New York, ait commencé à chercher différentes façons d’analyser l’impact de la pandémie de COVID-19. Monica Trujillo, professeure agrégée au Queensborough Local community School, Metropolis College of New York, a partagé avec Dennehy une étude australienne décrivant l’utilisation des eaux usées pour suivre la propagation d’un coronavirus, et cela a inspiré Trujillo à demander aux responsables du New York Metropolis Office of Defense de l’environnement de lui envoyer des échantillons d’eaux usées afin d’effectuer des travaux similaires.

À l’été 2020, Dennehy et Trujillo se sont associés à Davida Smyth, l’auteur principal de l’étude. Smyth, maintenant professeur agrégé à la Texas A&M University-San Antonio, était à l’époque à la New School de New York. Ils ont réuni une équipe de chercheurs pour commencer à suivre la propagation du coronavirus by means of les eaux usées de New York. Depuis lors, Dennehy, co-auteur correspondant de l’étude, a trouvé des résultats intéressants., Johnson s’est avéré être à l’écoute.

“Les mutations que nous observions dans notre échantillon n’étaient typiques d’aucune des séquences connues circulant à ce instant-là”, a déclaré Dennehy.

Ironiquement, Johnson contactait simultanément divers chercheurs à travers les États-Unis qui effectuaient un travail similaire avec les eaux usées après avoir observé des résultats inhabituels de son analyse des eaux usées dans certains de ses échantillons de la grande région de Saint-Louis. il a entendu Dennehy décrire leur approche ciblée, qui s’est avérée être la même méthode que MU utilisait pour tester des échantillons d’eaux usées pour le SRAS-CoV-2 dans le Missouri, mais avec une différence clé – MU analysait une additionally grande région de le génome du virus pour d’éventuelles mutations. En une semaine, Johnson a fait livrer des échantillons d’eaux usées de NYC à MU pour une analyse additionally approfondie.

“Lorsque nous avons commencé avec les échantillons de New York, je cherchais à voir s’ils avaient les mêmes séquences virales que celles que j’ai vues dans certains de mes échantillons de Saint-Louis”, a déclaré Johnson. “Ils étaient différents, mais tous avaient des mutations similaires en commun à un endroit particulier du virus – Q498. Ce qui est étonnant, c’est que dans la plupart des échantillons de New York, le Q de Q498 s’était transformé en Y, ou glutamine en tyrosine. Si vous regardez la base de données, il n’y avait pas, et il n’y a toujours pas, un affected individual humain qui a eu cette mutation.

Dennehy pense qu’une explication doable pourrait être un processus biologique appelé évolution convergente.

“Un animal du Missouri ne va pas se mélanger avec le même type d’animal à New York”, a déclaré Dennehy. “Par conséquent, l’évolution du virus dans chaque zone géographique est indépendante l’une de l’autre, mais comme il s’agit du même animal, le virus a la même apparence dans les deux endroits. Par exemple, nous pensons que les situations en Afrique du Sud qui ont donné naissance à la variante omicron sont les mêmes ailments à New York qui ont donné naissance à nos variantes cryptiques. En tant que biologiste, je pensais que la propagation du delta était menaçante, mais la vitesse à laquelle omicron a pris le contrôle de New York est à un autre niveau.

Comprendre l’impact additionally massive

Smyth a rejoint l’équipe de recherche en partie en raison de sa enthusiasm pour la science de l’intérieur d’un laboratoire pour montrer remark elle peut être appliquée à travers un influence moreover big et réel. Fière immigrante irlandaise, elle est passée de l’étude des bases de la biologie au début de sa carrière à la poursuite de sa enthusiasm en engageant ses étudiants dans des problèmes de santé réels, tels que la résistance aux antibiotiques et le suivi du coronavirus dans les eaux usées.

“Je suis intéressé par la façon dont nous pouvons prendre ce que nous savons et l’appliquer au monde réel où il est le moreover nécessaire”, a déclaré Smyth, qui est également directeur adjoint du Nationwide Centre for Science and Civic Engagement. “La surveillance des eaux usées est vraiment importante dans le contexte des mesures de santé publique communautaires où nous avons la capacité de communiquer des informations sur la santé à un niveau où les décisions, les pratiques et les interventions peuvent être mises en œuvre. La surveillance des eaux usées est rapide, peu coûteuse et impartiale, et pour pour cette raison, il a la capacité d’être mis en œuvre en fonction de la disponibilité des ressources dans une variété de contextes, en particulier dans les zones où les ressources sont limitées telles que la faible disponibilité des assessments et des vaccins.

“Suivi des lignées cryptiques du SRAS-CoV-2 détectées dans les eaux usées de New York”, a été publié dans Character Communications. Le financement a été fourni en partie par le Département de la security de l’environnement de la ville de New York, un don du Linda Markeloff Charitable Fund et une subvention des Countrywide Institutes of Well being (U01DA053893-01).

Les co-auteurs incluent Devon Gregory, Maddie Graham, Yue Guan, Caitlyn Guldenpfennig, Terry Lyddon, Clayton Rushford, Reinier Suarez, Emma Teixeiro et Mark Daniels à MU Davida Smyth et Geena Sompanya à la Texas A&M College-San Antonio Monica Trujillo au Queensborough Local community Faculty, City University of New York Kristen Cheung, Anna Gao, Irene Hoxie, Sherin Kannoly, Nanami Kubota, Michelle Markman et Kaung Myat San à la Town College de New York et Fabrizio Spagnolo à l’Université de Extensive Island.