Dans la cellule, les protéines interagissent souvent directement avec l’ADN pour réguler et influencer l’expression des gènes. Pour que cela se produise, les protéines doivent voyager dans le noyau de la cellule où l’ADN est étroitement tordu et emballé sous forme de chromatine, qui forme les chromosomes bien connus.



Lorsque la protéine atteint son emplacement cible, la chromatine se déroule pour révéler la portion d’ADN avec laquelle la protéine interagira. Cette interaction présente évidemment un grand intérêt pour les biologistes car or truck elle est au cœur de multiples fonctions cellulaires importantes voire de dysfonctionnements qui conduisent à la maladie.

Pour étudier les interactions protéine-chromatine, les biologistes utilisent une procedure appelée « immunoprécipitation de la chromatine » (ChIP). L’idée de base derrière ChIP est d’utiliser un anticorps qui cible la protéine de liaison à la chromatine, puis de la « tirer vers le bas » ou de la précipiter avec la section d’ADN capturée. L’ADN qui est lié par la protéine est ensuite identifié par séquençage, c’est pourquoi la method est généralement appelée « ChIP-seq ».



Depuis son invention en 2007, ChIP-seq est devenu la méthode la moreover populaire pour étudier les protéines associées à la chromatine comme les histones et les facteurs de transcription. Cependant, cela nécessite une longue séquence d’étapes manuelles qui limitent à la fois son débit et sa sensibilité.

Maintenant, des scientifiques dirigés par Bart Deplancke à l’Institut de bio-ingénierie de l’EPFL ont développé une nouvelle approche de la puce qui promet d’automatiser et de réduire son coût et sa complexité. La nouvelle méthode, baptisée « FloChIP » utilise la microfluidique, un domaine de bio-ingénierie que l’EPFL a aidé à développer et à développer.

La microfluidique implique essentiellement la manipulation précise de fluides à travers des puces qui contiennent plusieurs canaux soigneusement conçus. Parce qu’elle imite la dynamique interne d’une cellule, cette method peut et est déjà utilisée dans un specified nombre de processus de bio-ingénierie.

FloChIP implémente la microfluidique pour rationaliser considérablement le flux de travail ChIP. Dans un report publié dans PNAS, les scientifiques de l’EPFL démontrent que FloChIP est hautement modulaire et peut effectuer plusieurs checks ChIP-seq simultanément et reproductiblement de manière automatisée. Dans l’article, les chercheurs le montrent à la fois pour les marques d’histones et les facteurs de transcription.

« Grâce à sa rentabilité, son débit et son applicabilité générale, nous pensons que FloChIP s’imposera comme un complément valable aux outils existants pour l’étude de la biologie de la chromatine et des interactions protéine-ADN », explique Riccardo Dainese, leading auteur de l’étude.

« Avec cette nouvelle technologie, une véritable automatisation d’un test difficile tel que ChIP est à portée de key », ajoute Deplancke. « Cela devrait, espérons-le, catalyser une utilisation accrue des protéines liées à la chromatine en tant qu’indicateurs diagnostiques hautement informatifs pour un massive éventail de maladies, y compris le cancer. »