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D'où vient Omicron ? Une étude met en lumière les origines de la variante du SRAS-CoV-2

Découverte pour la première fois il y a un an en Afrique du Sud. On ne sait toujours pas exactement comment, quand et où ce virus est né. Maintenant, une étude publiée dans la revue Science par des chercheurs de la Charité – Universitätsmedizin Berlin et un réseau d’institutions africaines montre que les prédécesseurs d’Omicron existaient sur le continent africain bien avant que des cas ne soient identifiés pour la première fois.

Depuis le début de la pandémie, le coronavirus n’a cessé d’évoluer. Le in addition grand bond observé dans l’évolution du SRAS-CoV-2 à ce jour a été observé par des chercheurs il y a un an, lorsqu’une variante a été découverte qui différait du génome du virus d’origine par as well as de 50 mutations. Détectée pour la première fois chez un affected person en Afrique du Sud à la mi-novembre 2021, la variante nommée plus tard Omicron BA.1 s’est propagée dans 87 pays à travers le monde en quelques semaines seulement. À la fin du mois de décembre, il avait remplacé la variante Delta précédemment dominante dans le monde.

Depuis lors, les spéculations sur l’origine de cette variante hautement transmissible se sont concentrées sur deux théories principales : Soit le coronavirus a sauté d’un humain à un animal où il a évolué avant d’infecter à nouveau un humain sous le nom d’Omicron, soit le virus a survécu chez une personne atteinte d’une maladie système immunitaire pendant une plus longue période de temps et c’est là que les mutations se sont produites. Une nouvelle analyse d’échantillons de COVID-19 collectés en Afrique avant la première détection d’Omicron jette désormais le doute sur ces deux hypothèses.

L’analyse a été réalisée par une équipe de recherche internationale dirigée par le professeur Jan Felix Drexler, scientifique à l’Institut de virologie de la Charité et au Centre allemand de recherche sur les bacterial infections (DZIF). Parmi les autres partenaires clés du réseau euro-africain figuraient l’Université de Stellenbosch en Afrique du Sud et le Laboratoire de la fièvre hémorragique virale (LFHB) au Bénin. Les scientifiques ont commencé par développer un take a look at PCR spécial pour détecter spécifiquement la variante BA.1 d’Omicron. Ils ont ensuite testé additionally de 13 000 échantillons respiratoires de clients COVID-19 qui avaient été prélevés dans 22 pays africains entre la mi-2021 et le début de 2022. Ce faisant, l’équipe de recherche a trouvé des virus avec des mutations spécifiques à Omicron chez 25 personnes de six pays différents. qui a contracté le COVID-19 en août et septembre 2021 – deux mois avant que la variante ne soit détectée pour la première fois en Afrique du Sud.

Pour en savoir furthermore sur les origines d’Omicron, les chercheurs ont également décodé, ou “séquencé”, le génome viral de quelque 670 échantillons. Un tel séquençage permet de détecter de nouvelles mutations et d’identifier de nouvelles lignées virales. L’équipe a découvert plusieurs virus qui présentaient divers degrés de similitude avec Omicron, mais ils n’étaient pas identiques. “Nos données montrent qu’Omicron avait différents ancêtres qui ont interagi les uns avec les autres et ont circulé en Afrique, parfois simultanément, pendant des mois”, explique le professeur Drexler. “Cela suggère que la variante BA.1 Omicron a évolué progressivement.” De additionally, les données de la PCR ont conduit les chercheurs à conclure que bien qu’Omicron ne soit pas originaire uniquement d’Afrique du Sud, il y a d’abord dominé les taux d’infection avant de se propager du sud au nord à travers le continent africain en quelques semaines seulement.

“Cela signifie que la montée soudaine d’Omicron ne peut pas être attribuée à un saut du règne animal ou à l’émergence d’une seule personne immunodéprimée, bien que ces deux scénarios puissent également avoir joué un rôle dans l’évolution du virus”, explique le professeur Drexler. « Le fait qu’Omicron nous ait pris par shock est plutôt dû à l’angle mort diagnostique qui existe dans de grandes events de l’Afrique, où seule une petite portion des infections par le SRAS-CoV-2 est probablement enregistrée. L’évolution progressive d’Omicron a donc été tout simplement ignorée. Il est donc vital que nous renforcions désormais de manière significative les systèmes de surveillance diagnostique sur le continent africain et dans des régions comparables des pays du Sud, tout en facilitant également le partage mondial des données Seules de bonnes données peuvent empêcher les décideurs politiques de mettre en œuvre des mesures de confinement potentiellement efficaces, telles que des constraints de voyage, au mauvais second, ce qui peut finir par causer in addition de tort économique et social que de bien. »