Les scientifiques biomédicaux travaillant avec COVID-19 disposent d’un nouvel outil pour les aider à mieux comprendre le virus et à avoir confiance dans les modèles structurels qu’ils utilisent dans leurs recherches.

Wladek Insignificant, PhD, de la faculté de médecine de l’Université de Virginie, et d’autres biologistes structurels de premier program ont dirigé une équipe internationale de scientifiques pour étudier les buildings protéiques contenues dans le virus – structures qui sont essentielles au développement de traitements et de vaccins. L’équipe a créé une ressource Net (https://covid-19.bioreproducibility.org/) qui fournit aux scientifiques un moyen facile de voir les progrès de la communauté de la biologie structurale dans ce domaine. Il comprend également l’évaluation par l’équipe de la qualité des modèles individuels et des variations améliorées de ces structures, lorsque cela est probable.

« Nous avons soigneusement analysé les modèles disponibles de protéines SARS-CoV-2 et présenté les résultats dans le but d’aider la vaste communauté biomédicale. Les modèles structurels sont finalement l’interprétation des chercheurs originaux et parfois sous-optimaux. C’est pourquoi un deuxième ensemble des yeux pour valider les constructions importantes est si important « , a déclaré Insignificant, du Département de physiologie moléculaire et de physique biologique de l’UVA. « Dans la plupart des cas, seules des corrections mineures ont pu être suggérées. Cependant, dans plusieurs cas, les révisions ont été importantes, en particulier dans le domaine smart des complexes protéine-ligand qui sont essentiels pour la recherche de suivi, comme les travaux de découverte de médicaments. L’état de santé actuel la crise exige que toutes les constructions SARS-CoV-2 soient de la moreover haute qualité attainable.  »

La science à la vitesse de l’éclair

Lorsque la menace du coronavirus est devenue apparente, les scientifiques du monde entier ont répondu à un rythme sans précédent pour déterminer la structure atomique du virus et de ses constituants protéiques.

Les chercheurs utilisent les modèles structurels résultants dans une variété d’applications, allant de la conception de médicaments basés sur la framework à la planification d’une gamme d’expériences biomédicales. Pour cette raison, il est essentiel que les modèles atomiques soient aussi précis que probable. En raison de l’urgence de la pandémie, la plupart de ces constructions sont déposées dans la Protein Details Financial institution (PDB), un référentiel mondial de constructions macromoléculaires, avant publication et examen par les pairs.

Les membres de l’équipe, qui sont des specialists en validation et interprétation de structures, ont remarqué des opportunités pour améliorer plusieurs modèles SARS-CoV-2 en utilisant des approches de raffinement de pointe. Cela les a amenés à créer la nouvelle ressource Website. Il est mis à jour chaque semaine avec de nouvelles structures, en synchronisation avec la PDB.

Dans certains cas, l’équipe a travaillé avec les chercheurs qui ont généré la structure d’origine pour s’assurer que le site contient les modèles les plus précis. Cette équipe possède une longue expérience dans la correction de modèles structurels importants sur le approach biomédical, par exemple dans le domaine de la résistance aux antibiotiques.

« Travailler sur un projet mené par de fortes collaborations internationales est une énorme opportunité pour les jeunes scientifiques, comme Ivan Shabalin et Dariusz Brzezinski, qui mèneront sans aucun doute d’autres études très percutantes dans un avenir proche », a déclaré Small.

« Il est extrêmement gratifiant de pouvoir ajouter mon experience à un projet qui a le potentiel d’avoir un impression huge sur la vie de millions de personnes », a déclaré Shabalin.

Ressource COVID-19

L’équipe a décrit la nouvelle ressource dans un write-up en accès libre publié dans le FEBS Journal.

Les collaborateurs du projet sont Alexander Wlodawer, du Nationwide Cancer Institute (NCI) Zbigniew Dauter, du NCI & Argonne Countrywide Laboratory Shabalin, d’UVA Miroslaw Gilski, de l’Université A. Mickiewicz (AMU) et de l’Institut de chimie bioorganique (IBCH), Académie polonaise des sciences Brzezinski, de l’Université de technologie de Poznan et IBCH, Pologne, et UVA Marcin Kowiel, d’IBCH Bernhard Rupp, de k.k. Hofkristallamt Usa et Université médicale d’Innsbruck, Autriche et Mariusz Jaskolski d’AMU et IBCH.

Le travail a été soutenu par l’Institut nationwide du cancer des National Institutes of Wellness, Heart for Most cancers Exploration, subvention R01-GM132595 l’Institut national des allergy symptoms et des maladies infectieuses, contrat HHSN272201700060C l’Agence nationale polonaise pour les échanges universitaires, subvention n ° PPN / BEK / 2018/1/00058 / U / 00001 et la Fondation autrichienne des sciences.