Des chercheurs de l’hôpital pour enfants de Philadelphie (CHOP), du laboratoire de données sur le most cancers childish de la fondation Alex’s Lemonade Stand, du Kid’s Brain Tumor Network (CBTN), du Pacific Pediatric Neuro-Oncology Consortium (PNOC) et de plus de 20 autres establishments se sont associés pour créer une plate-forme d’analyse open up source et reproductible, la première du style, pour les tumeurs cérébrales pédiatriques. Avec l’aide de milliers d’échantillons séquencés génomiquement, les chercheurs ont utilisé cette plate-forme pour identifier les premières découvertes sur les variantes génétiques associées à des résultats moreover médiocres qui pourraient aider à guider les futurs progrès diagnostiques et thérapeutiques.
Les détails de la plate-forme et ces premiers résultats ont été publiés en ligne aujourd’hui par la revue Mobile Genomics.
Les tumeurs cérébrales pédiatriques sont collectivement la principale cause de décès liés au cancer chez les enfants aux États-Unis. Cependant, la gravité des tumeurs cérébrales pédiatriques varie énormément, certaines ayant un pronostic mortel presque universel tandis que d’autres ont des taux de survie à lengthy terme relativement élevés, bien que toutes les tumeurs cérébrales aient un impression négatif sur ces enfants et leurs familles au moins dans une certaine mesure. L’accès limité aux échantillons de tissus et aux lignées cellulaires dérivées de clients a été un obstacle important à la compréhension des différences entre les tumeurs cérébrales pédiatriques au niveau moléculaire. Ces données longtemps recherchées pourraient conduire à de meilleures tactics de diagnostic et à des thérapies ciblées potentielles qui pourraient traiter ces tumeurs mortelles.
En 2011, le CBTN et le PNOC ont commencé à extraire et à préparer ce qui est maintenant devenu près de 6 000 échantillons de tumeurs avec plus de 68 000 sous-échantillons. Furthermore de 1 000 de ces tumeurs ont été séquencées pour former la model initiale de l’Atlas des tumeurs cérébrales pédiatriques (PTBA) en 2018, et les données ont été mises à disposition sans embargo afin que les chercheurs puissent étudier quelles variantes pourraient être à l’origine de certains varieties de tumeurs cérébrales. Avec l’aide du laboratoire de données sur le most cancers childish de la Fondation Alex’s Lemonade Stand, l’équipe de chercheurs a pu créer une model open up supply de cet atlas, l’Open Pediatric Brain Tumor Atlas (OpenPBTA), pour analyser ces données.
OpenPBTA est available à toute personne menant des recherches à la recherche de nouvelles cibles thérapeutiques ou trouvant de nouvelles façons de traduire la recherche en pratique clinique. Au minute de cette étude, OpenPBTA contenait des données génomiques et cliniques de additionally de 1 000 tumeurs cérébrales pédiatriques et 22 lignées cellulaires dérivées de sufferers du CBTN et du PNOC. L’OpenPBTA fournit un cadre ouvert en temps réel pour caractériser génomiquement les tumeurs cérébrales pédiatriques. Il s’agit de la première analyse ouverte, collaborative et à grande échelle de données génomiques et fournit une ressource basée sur le cloud pour les chercheurs à la recherche de données moreover complètes sur les tumeurs cérébrales pédiatriques.
“Bien qu’il y ait eu de nombreux partisans d’un modèle open up-source pour la recherche scientifique, rien de tel n’existait pour le most cancers pédiatrique”, a déclaré Jo Lynne Rokita, PhD, scientifique en bioinformatique responsable d’OpenPBTA au Heart for Details-Driven Discovery (D3B) au CHOP et l’un des auteurs correspondants de l’étude. “Nous avons conçu OpenPBTA pour que n’importe qui puisse accéder aux données, contribuer à son analyse et/ou l’utiliser dans ses propres recherches.”
« La collaboration est essentielle pour accélérer la découverte de nouveaux traitements. OpenPBTA a permis aux specialists du monde entier de se réunir et d’approfondir leur compréhension de la principale result in de décès liés au cancer chez les enfants et les jeunes adultes », a déclaré Jay Scott, co-directeur Directeur de la Fondation Alex’s Lemonade Stand.
Jaclyn N. Taroni, PhD, un autre auteur correspondant de l’étude et directrice du laboratoire de données sur le most cancers childish de la Lemonade Stand Foundation d’Alex, a déclaré : « Avec notre lancement réussi d’OpenPBTA, nous espérons que la communauté de recherche adaptera ce modèle à d’autres cancers pédiatriques. ”
OpenPBTA fournit déjà aux chercheurs in addition d’informations sur les moteurs potentiels des tumeurs cérébrales pédiatriques. Dans cette étude, les chercheurs ont découvert que la perte du gène suppresseur de tumeur TP53 est un marqueur important de la faible survie globale dans les tumeurs à croissance rapide du cerveau et de la moelle épinière appelées épendymomes et certains gliomes diffus de la ligne médiane, et la dérégulation du gène était également impliquée dans l’hypermutant. gliomes de haut grade.
“La résolution des tumeurs cérébrales pédiatriques ne peut être accomplie par une seule institution. Le modèle OpenPBTA de collaboration partagée en temps réel soutenu par le PNOC et le CBTN a non seulement permis de nouvelles découvertes, mais également des moyens innovants d’effectuer la science requise au nom d’une collaboration accélérée. innovation pour les enfants touchés par des tumeurs cérébrales », a déclaré Sabine Mueller MD, PhD, MAS, professeur de neurologie, de neurochirurgie et de pédiatrie à l’Université de Californie à San Francisco, et directrice du PNOC et coprésidente exécutive du CBTN.
Cette étude a été soutenue par l’Alex’s Lemonade Stand Foundation (ALSF) Childhood Cancer Data Lab, un ALSF Young Investigator Award, ALSF Catalyst Awards, une ALSF CCDL Postdoctoral Coaching Grant, Kid’s Hospital of Philadelphia Division of Neurosurgery, le gouvernement australien, ministère de l’Éducation, le St. Anna Kinderkrebsforschung, Autriche, le Mildred Scheel Early Job Heart Dresden P2, financé par l’aide allemande contre le cancer et les subventions des Nationwide Institutes of Wellness (NIH) 3P30 CA016520-44S5, U2C HL138346-03, U24 CA220457-03, K12GM081259, R03-CA23036 et contrat NIH n° HHSN261200800001E. Ce projet a également été financé en partie par des fonds fédéraux du Nationwide Most cancers Institute, Nationwide Institutes of Health and fitness, sous le contrat n° 75N91019D00024, ordre de mission n° 75N91020F00003. De plus, ce travail a été soutenu par le programme de recherche intra-muros de la Division de l’épidémiologie du cancer et de la génétique de l’Institut countrywide du most cancers.
