Une nouvelle méthode de calcul pour attribuer le donneur à des expériences de séquençage d’ARN unicellulaire fournit un moyen précis de démêler les données d’un mélange de personnes. La méthode Souporcell, créée par les chercheurs du Wellcome Sanger Institute et leurs collaborateurs pourrait aider à étudier comment les variantes génétiques chez différentes personnes affectent les gènes qui sont exprimés lors d’une infection ou d’une réponse aux médicaments.



Publié cette semaine dans Nature Methods, le logiciel pourrait accroître l’efficacité des expériences sur une seule cellule, en aidant la recherche sur les greffes, la médecine personnalisée et le paludisme.

Le séquençage d’ARN unicellulaire (RNAseq) peut révéler exactement quels gènes sont activés dans chaque cellule individuelle, révélant les types de cellules et ce qu’ils font. La mise en commun des cellules de plusieurs personnes en une seule expérience RNAseq permet d’identifier comment différents génomes affectent cette expression génique. Cependant, il est essentiel de pouvoir séparer les données résultantes par individu, ce qui peut être très difficile.



Les auteurs ont testé Souporcell * contre trois autres méthodes de calcul utilisant des cellules placentaires, des lignées de cellules souches pluripotentes ** et des parasites du paludisme.

Haynes Heaton, le premier auteur du Wellcome Sanger Institute, a déclaré : « Notre méthode, appelée Souporcell, est capable de séparer des mélanges de cellules individuelles dans des expériences scRNAseq sans connaître la séquence complète du génome de chaque individu au préalable, contrairement aux méthodes précédentes. L’une des clés caractéristiques de la méthode est qu’elle estime la quantité d’ARN de fond des cellules mortes, ce qui est souvent appelé la soupe. Cela permet ensuite d’éliminer cette source de bruit, et donc le nom Souporcell.  »

Pouvoir combiner les cellules en une seule expérience augmente la précision, permettant de trouver plus d’informations, et réduit également le coût de ces expériences.

Le Dr Martin Hemberg, auteur principal du Wellcome Sanger Institute, a déclaré : « La séquence génétique exacte de chaque personne peut affecter sa réponse aux infections ou aux traitements médicamenteux. La nouvelle méthode permet d’analyser les données d’expression unicellulaire de plusieurs personnes, montrer les liens entre génotype et phénotype, dans les maladies et en présence de médicaments. Cela aura des implications pour la médecine personnalisée.  »

De plus, certains échantillons ont intrinsèquement un mélange de cellules de génomes différents, y compris des échantillons de patients transplantés qui ont leurs cellules et cellules d’origine du donneur, ou des populations de parasites, comme le paludisme, d’un individu infecté.

Le Dr Mara Lawniczak, un auteur principal du Wellcome Sanger Institute, a déclaré : « Cette méthode nous aide à comprendre le paludisme. Les gens sont infectés par plusieurs souches de paludisme à la fois, mais nous ne savons pas comment ces souches se font concurrence pour Pour même poser la question, nous devons être capables de séparer les cellules de différentes souches de paludisme, et Souporcell le permet. «