Xavier Boyer
Un système de surveillance des maladies infectieuses créé par des scientifiques de l’École de médecine de l’Université de Pittsburgh et déployé dans un hôpital de l’UPMC a détecté avec succès des cas d’infection résistante aux médicaments transmise par des gouttes oculaires des mois avant que les autorités nationales de santé publique n’annoncent une épidémie.
Les résultats, publiés aujourd’hui dans The Journal of Infectious Disorders, ont été obtenus grâce à un programme hospitalier appelé Improved Detection Technique for Healthcare-Related Transmission (EDS-HAT). Ils démontrent le potentiel de cette technologie pour détecter et arrêter plus rapidement les épidémies à l’échelle nationale.
“Notre étude montre vraiment l’utilité de la surveillance du séquençage du génome entier”, a déclaré l’auteure principale Daria Van Tyne, Ph.D. professeure adjointe à la Division des maladies infectieuses de Pitt Drugs. « Si davantage d’hôpitaux utilisaient l’EDS-HAT ou une technologie similaire de moreover en in addition available, ils pourraient éviter les épidémies dans leurs murs beaucoup furthermore rapidement. Et si plusieurs hôpitaux partageaient ces données entre eux et avec les autorités de santé publique, alors les épidémies nationales pourraient être stoppées en un rien de temps. leurs traces.”
Le séquençage du génome entier permet aux scientifiques de voir les « empreintes digitales » uniques d’ADN d’agents pathogènes dans un échantillon provenant d’un patient infecté. Lorsque le code génétique de deux échantillons de people différents correspond très étroitement, cela signifie que soit un affected person a transmis l’infection à l’autre, soit qu’ils l’ont tous deux contracté de la même supply, ce qui indique une épidémie.
L’UPMC, un prestataire de soins de santé à but non lucratif possédant des hôpitaux en Pennsylvanie, à New York et dans le Maryland, est le seul système hospitalier américain dont Van Tyne sait qu’il utilise le séquençage du génome entier de cette manière.
Le 1er février 2023, les Facilities for Disease Handle and Avoidance des États-Unis ont émis un avertissement concernant une épidémie d’une souche résistante aux médicaments de la bactérie Pseudomonas aeruginosa, liée à l’utilisation de larmes artificielles. Des dizaines de cas ont été recensés dans 13 États, avec au moins un décès et plusieurs cas de perte de eyesight permanente. En avril 2023, le CDC a publié le code génétique de la souche épidémique.
À ce stade, Alexander Sundermann, Dr.PH, auteur principal de l’étude et professeur adjoint à la Division des maladies infectieuses de Pitt Medicine, a comparé le code récemment publié par le CDC avec les résultats du séquençage du génome entier conservés dans les dossiers de surveillance de l’UPMC. Il a eu un match.
En octobre 2022, l’UPMC a détecté deux cas d’infection pharmacorésistante through EDS-HAT. Cela indiquait une épidémie, alors les spécialistes de la prévention des infections des hôpitaux ont enquêté, mais aucun point commun n’a pu être trouvé entre les patients : ils n’avaient pas interagi les uns avec les autres, n’avaient pas les mêmes cliniciens, ne restaient pas dans les mêmes chambres et aucun du matériel hospitalier courant avait été utilisé. Alors que le file d’un affected individual incluait l’utilisation de larmes artificielles, l’autre n’en faisait pas point out. Et aucune alerte de santé publique n’a encore été émise.
Lorsque le CDC a partagé le code génétique, c’était la pièce manquante dont Sundermann et Van Tyne avaient besoin pour résoudre le mystère. Les deux cas faisaient partie de l’épidémie liée aux larmes artificielles récemment annoncée.
Après avoir confirmé que l’UPMC avait vu des cas de P. aeruginosa des mois avant l’alerte nationale, Sundermann et Van Tyne ont poussé leurs recherches in addition loin, obtenant toutes les séquences disponibles de P. aeruginosa désormais partagées. Cela leur a permis de construire un « arbre généalogique » et de retracer les origines de la bactérie jusqu’à des échantillons collectés en 2013 et 2018 en Inde et au Nigéria, mais non observés dans des échantillons américains avant 2022. Leurs conclusions concordent avec les informations selon lesquelles les gouttes oculaires étaient probablement contaminées. une usine de fabrication à l’étranger fin 2021 ou début 2022.
“Il a fallu que le CDC partage des données sur la souche de l’épidémie pour que nous puissions enfin relier les points et voir que nos people faisaient partie de l’épidémie nationale”, a déclaré Sundermann. “Imaginez à quel point nous aurions tous pu être informés in addition rapidement de cette épidémie si davantage d’hôpitaux effectuaient une surveillance par séquençage du génome entier et alimentaient leurs résultats dans une foundation de données publique centralisée. Nous avons trouvé notre premier cas peu de temps après que ces gouttes ophtalmiques contaminées aient probablement commencé à être utilisées dans le Aux États-Unis – des mois avant l’alerte du CDC – mais sans un autre cas, nous n’avions aucun moyen de savoir qu’il y avait une épidémie. »
Les autres auteurs de cette recherche sont Vatsala Rangachar Srinivasa, MPH, Emma G. Mills, BS, Marissa P. Griffith, BS, Kady D. Waggle, BS, Ashley M. Ayres, MBA, BS, Lora Pless, Ph.D. Graham M. Snyder, MD, MS, et Lee H. Harrison, MD, tous de Pitt, UPMC, ou les deux.
Cette recherche a été financée en partie par la subvention R01AI127472 de l’Institut nationwide des allergic reactions et des maladies infectieuses.
