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Test ciblé de résistance aux antibiotiques chez les espèces cliniques d'Enterobacter

Les bactéries du style Enterobacter sont parmi les bactéries les moreover dangereuses associées aux infections hospitalières dans le monde. Certains de leurs représentants sont très résistants aux antibiotiques couramment utilisés, de sorte que la colistine, un antibiotique de réserve. Pour éviter une dépendance inutile à la colistine et risquer d’augmenter la résistance, les bactéries sont testées pour leur sensibilité ou leur résistance à la colistine avant de recommander un traitement. Cependant, les checks couramment utilisés pour Enterobacter ne sont pas fiables. les scientifiques ont maintenant résolu ce problème. Sur la base de ces découvertes, ils ont développé un examination simple, wise et robuste pour le genre Enterobacter.

Les tests microbiologiques actuellement utilisés pour la résistance à la colistine et à d’autres résistances aux antibiotiques n’ont pas permis de tirer des conclusions précises concernant la propagation de la résistance chez différentes espèces d’Enterobacter. C’était en partie parce que la classification taxonomique des isolats cliniques d’Enterobacter était imprécise, et en partie parce que le taux d’erreur dans la détermination de la résistance était élevé. L’étude DZIF à grande échelle a maintenant réalisé une percée et clarifié les relations entre les nombreuses espèces d’Enterobacter ainsi que des tests de résistance optimisés. À cette fin, des chercheurs de l’Institut de microbiologie médicale de l’Université Justus Liebig de Giessen (projet Deep-iAMR), en collaboration avec des scientifiques du DZIF du Centre de recherche Borstel Leibniz Lung Heart, ont analysé des isolats d’Enterobacter collectés dans des hôpitaux universitaires allemands sur une période de trois ans..

À l’aide d’études taxonomiques basées sur le génome, Enterobacter xiangfangensis s’est avéré être l’espèce la moreover fréquente dans les hôpitaux allemands  : à partir d’un pool de données de moreover de 3246 isolats dans le monde – représentant une selection de additionally de vingt ans – cette espèce représentait 68,7 % de tous les Enterobacter détecté.

La détermination des profils de résistance aux antibiotiques à l’aide de exams phénotypiques recommandés par le Comité européen sur les assessments de sensibilité aux antimicrobiens (EUCAST) a donné des résultats mitigés en ce qui concerne la résistance à la colistine.

“Il s’est avéré que de nombreux isolats n’étaient pas ou à peine résistants à ces assessments, même si les bactéries portaient tous les gènes nécessaires à l’expression de la résistance à la colistine”, explique le leading auteur de l’étude. de l’Université Friedrich Schiller, Iéna, Allemagne. Un résultat qui a soulevé des inquiries. Les chercheurs ont obtenu une première réponse en étudiant plus avant les isolats dans lesquels la résistance n’était pas clairement détectable par spectrométrie de masse.

“Selon l’espèce particulière d’Enterobacter, nous avons détecté de faibles niveaux de lipide A modifié, la construction d’ancrage des lipopolysaccharides (LPS) – un composant vital de la membrane bactérienne et nécessaire à la résistance à la colistine – même à partir de bactéries cultivées dans un milieu sans colistine. “, commente le co-leading auteur de l’étude, le Dr Nicolas Gisch du Centre de recherche Borstel Leibniz Lung Centre. “Ces modifications du lipide A semblent dépendre de l’espèce bactérienne et sont inhérentes, c’est-à-dire que leur expression est intégrée dans une régulation moreover complexe et pas seulement déclenchée par la colistine”, ajoute-t-il.

“Le résultat suggère qu’il existe une variation dépendante de l’espèce dans l’hétérorésistance observée chez Enterobacter  : dans les systèmes de test de schedule, les bactéries sont parfois résistantes, parfois non”, explique le Dr Can Imirzalioglu, co-auteur de l’étude et directeur par intérim du département clinique. Microbiologie et diagnostic à l’Institut de microbiologie médicale de l’Université Justus Liebig de Giessen.

En utilisant d’autres méthodes sophistiquées, les auteurs ont pu élucider le phénomène d’hétérorésistance dans le genre Enterobacter. c’est-à-dire à l’acidité de l’environnement, et régule en conséquence, à la hausse ou à la baisse, les gènes nécessaires à l’expression de la résistance à la colistine”, explique le Pr. Trinad Chakraborty, auteur principal et ancien directeur de l’Institut de microbiologie médicale de l’Université Justus Liebig de Giessen. Les variations génétiques et les interactions dans cette voie de détection du pH environnemental ont conduit à des différences dépendantes des espèces concernant l’étendue de la résistance à la colistine chez les différentes espèces d’Enterobacter dans les systèmes de take a look at conventionnels.

Sur la foundation de ces découvertes, les chercheurs ont développé un nouveau check straightforward qui élimine les effets d’hétérorésistance et permet une détermination sans ambiguïté et fiable des niveaux réels de résistance à la colistine pour n’importe quel isolat. ouvrant ainsi la voie à un traitement ciblé et économique des espèces d’Enterobacter avec cet antibiotique de réserve dans le monde entier. Un résultat obtenu notamment grâce à des collaborations translationnelles au sein du DZIF.