De nombreuses versions génétiques cachées peuvent être détectées grâce au Chameleolyser, une nouvelle méthode développée à Nimègue. Les informations donnent déjà lieu à de nouveaux diagnostics de individuals et pourraient également conduire à la découverte de gènes de maladies encore inconnus, écrivent Wouter Steyaert et Christian Gilissen de Radboudumc dans Mother nature Communications.
La science médicale utilise le séquençage de l’exome depuis environ 15 ans pour cartographier les gènes de sufferers individuels atteints de maladies rares. Avec cette strategy, l’ADN d’environ 20 000 gènes humains d’une personne est découpé en petits morceaux afin que les lettres d’ADN puissent être lues. Cela crée une énorme quantité de minuscules fragments d’ADN, qui sont ensuite réassemblés en gènes entiers comme un puzzle. Le résultat est un aperçu des 20 000 gènes de cette seule personne.
Moteur évolutif
«Malheureusement, un tel aperçu n’est jamais tout à fait complet», déclare Christian Gilissen, professeur de bioinformatique du génome. «C’est à bring about de l’évolution de notre génome, de notre matériel héréditaire. Lors de la copie d’ADN, les choses tournent parfois mal. De petits morceaux d’ADN disparaissent ou sont ajoutés. Certaines pièces sont copiées plusieurs fois. Il arrive également qu’un gène copié soit placé ailleurs dans le génome, vous donnant un pseudogène en in addition du gène primary. Ces « négligences » génétiques sont très importantes auto elles sont le moteur de l’évolution. C’est ainsi que surviennent les changements génétiques. Des changements qui peuvent être sans effet ou bénéfiques, mais qui provoquent parfois aussi de nouvelles maladies.
Des pseudogènes déroutants
Zoom sur le gène et les pseudogènes un instantaneous. Le gène a une fonction, le pseudogène n’en a généralement pas. Au fil du temps, de petits changements, des mutations, peuvent survenir à la fois dans le gène et dans le pseudogène. Mais le gène et le pseudogène sont si similaires que lors du séquençage, il n’est pas clair quelle partie appartient au gène et laquelle appartient au pseudogène. Gilissen : « Pour cette raison, ces régions d’ADN ne sont pas incluses dans l’analyse. Une mutation trouvée peut provenir du pseudogène et n’avoir aucune signification. Si vous ajoutez cette mutation au gène ordinary, vous poserez un mauvais diagnostic. Nous ne voulons pas de ça.
Rendre visible l’invisible
Avec Wouter Steyaert, Gilissen a développé une méthode – Chameleolyser – qui détecte les combinaisons de gènes et de pseudogènes dans les données de séquençage d’exome existantes et peut également visualiser les variants génétiques entre elles. Steyaert : « Nous constatons désormais de nombreuses versions génétiques qui étaient auparavant invisibles. Par exome, on retrouve une soixantaine de variantes génétiques supplémentaires. Pour un specified nombre de personnes, ces données ont permis de déterminer définitivement la result in de leur maladie. Grâce à une nouvelle procedure de séquençage de PacBio, qui analyse des séquences d’ADN plus longues, nous avons établi la fiabilité de notre méthode.
Nouveaux gènes de maladies, nouveaux diagnostics
La nouvelle méthode est intéressante car or truck elle peut être appliquée à des données de séquençage d’exome déjà existantes. Ainsi, aucune nouvelle étude chez les clients n’est nécessaire. N’importe quel centre de séquençage dans le monde peut appliquer cette méthode. «Une analyse à si grande échelle peut également fournir de nouvelles informations biologiques», explique Gilissen. «Dans de nombreux troubles, la lead to génétique ne peut être déterminée que chez la moitié des clients. Nous pensons que nous trouverons également de nouveaux gènes de maladies dans ces combinaisons gène-pseudogène. Pour certains de ces people, c’est peut-être là que réside la trigger génétique de leur maladie.
