Béatrice Garnier
La pneumonie est une infection des alvéoles pulmonaires causée par des bactéries, des virus ou des champignons. C’est l’une des principales will cause de morbidité et de mortalité dans le monde, représentant un fardeau clinique et économique et un problème de santé publique mondial. L’écosystème microbien (ou microbiome) des voies respiratoires humaines colonise différentes niches. Le microbiome des voies respiratoires intéresse les scientifiques vehicle il contribue à la santé humaine en stimulant le système immunitaire et en protégeant contre les bacterial infections par des agents pathogènes. Des scientifiques de l’Institut Pasteur et du CNRS ont démontré que la composition du microbiome, la cost pathogène et les interventions cliniques influencent la gravité de la pneumonie bactérienne causée par Legionella pneumophila. Les résultats ont été publiés dans la revue Cell Reports Drugs le 25 août 2023.
Dans cette étude, des scientifiques de l’unité Biologie des bactéries intracellulaires, dirigée par Carmen Buchrieser à l’Institut Pasteur, en collaboration avec Sophie Jarraud, responsable du Centre nationwide de référence des légionelles de Lyon, ont analysé la diversité et la composition du microbiome des voies respiratoires ( bactéries, archées, champignons et protozoaires) chez les people atteints de pneumonie causée par l’agent pathogène bactérien intracellulaire Legionella pneumophila pendant toute leur période d’hospitalisation. L. pneumophila est responsable d’une pneumonie grave connue sous le nom de maladie du légionnaire, qui peut être contractée par l’inhalation d’aérosols contaminés provenant de resources d’eau artificielles telles que des douches, des spas ou des systèmes de climatisation. Le taux de létalité de la légionellose varie de 5 à 40 % selon le contexte clinique et la région. Les facteurs de risque sont la vieillesse, les affections pulmonaires préexistantes, le tabagisme et l’immunosuppression, et environ les deux tiers des cas signalés surviennent chez des hommes. Les cas confirmés de légionellose dans l’Union européenne sont passés de 4 693 cas en 2005 à 10 004 cas en 2021, soit une augmentation de 113 %. L’une des raisons de cette forte augmentation pourrait être le changement climatique, avec des températures de l’eau as well as élevées et des inondations furthermore fréquentes et additionally intenses qui permettent aux légionelles de se répliquer as well as rapidement et d’accéder aux environnements humains.
L’équipe de scientifiques a combiné le séquençage à haut débit de gènes marqueurs bactériens, archéens et fongiques avec une approche de quantification pour caractériser la façon dont le microbiome des voies respiratoires s’est développé chez les patients au cours de l’infection et à la suite d’interventions hospitalières (telles que la air flow mécanique et administration d’antibiotiques). Une cohorte exceptional de 38 patients hospitalisés atteints de pneumonie causée par Legionella pneumophila a été analysée. “Nous avons découvert une dynamique complexe du microbiome, où coexistent des micro-organismes commensaux et pathogènes, et l’équilibre entre leur abondance conduit le microbiome à la récupération ou à la dysbiose”, explique Carmen Buchrieser, auteure principale de l’étude et responsable de l’unité Biologie des bactéries intracellulaires de l’Institut Pasteur. Les scientifiques ont observé qu’au début de l’hospitalisation, la diversité du microbiome diminuait et que l’agent pathogène L. pneumophila était tué par le traitement antibiotique. Mais la market vide fut bientôt occupée par d’autres espèces opportunistes, souvent résistantes aux antimicrobiens – un facteur qui devrait être pris en compte dans les stratégies de prévention des infections secondaires. Les microbiomes des voies respiratoires présentant les prices bactériennes et fongiques les furthermore élevées ont également montré une diversité et un enrichissement en brokers pathogènes additionally faibles, ce qui indique qu’une biomasse élevée pourrait être un biomarqueur d’infections secondaires et/ou de co-infections. Enfin, les scientifiques ont montré que la biomasse de Legionella est en corrélation avec la gravité de la maladie et les comorbidités, ce qui suggère que la quantification des brokers pathogènes devrait être incluse dans la surveillance des people. Les interventions cliniques telles que la ventilation mécanique ou l’administration de certains varieties d’antibiotiques influencent la composition du microbiome et donc également l’évolution de la maladie.
“Dans cette étude, nous avons également découvert que les champignons, les archées et les protozoaires peuvent résider et non seulement de manière transitoire dans les voies respiratoires des patients hospitalisés et qu’ils pourraient contribuer à la development de la pneumonie. Cela nécessite des recherches additionally approfondies. Notre recherche montre donc que l’interaction entre les voies respiratoires L’équilibre du microbiome des voies respiratoires, la dynamique de la cost pathogène et les interventions cliniques jouent un rôle essential dans le rétablissement des clients atteints de pneumonie”, conclut Carmen Buchrieser.
